com base na Geração de Genomas Sintéticos
Ricardo Rodrigues Ciferri Mônica Nakano Cristina Dutra de Aguiar Ciferri Reginaldo Massanobu Kuroshu and José Júnior Lombardi Bariviera |
In this paper we address the similarity search of sequences in biological databases using the MRS index structure. We propose and automate the following activities aimed at generating synthetic genomes from real ones: (i) to obtain real genomes of bacteria and plasmids; (ii) to analyse the obtained genomes focusing on identifying which characteristics of them should be extracted and consequently reproduced; and (iii) to generate synthetic genomes that have similar characteristics to those identified in real ones. We also investigate the influence of the data volume in the performance of the MRS. The performance tests showed that the MRS is able to manage different volumes of biological data, as its search time keeps a linear variation with regard to the data volume growth.
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| Keywords: Bioinformatics, Biological Databases, Similarity search of sequences, Index structures. |
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Este artigo enfoca a pesquisa de similaridade de seqüências em bancos de dados biológicos com o auxílio da estrutura de indexação MRS. Para tanto, propõe e automatiza as seguintes atividades voltadas à geração de genomas sintéticos a partir de genomas reais: (i) obtenção de genomas reais de bactérias e plasmídeos; (ii) análise dos genomas reais obtidos, visando-se identificar quais características destes genomas devem ser extraídas e, conseqüentemente, reproduzidas; e (iii) geração de genomas sintéticos, com características similares às identificadas nos genomas reais. O artigo também investiga a influência específica do volume de dados no desempenho da MRS. Os testes de desempenho mostraram que a MRS é adaptada para gerenciar diferentes volumes de dados biológicos, desde que o seu desempenho mantém uma variação linear com relação ao crescimento do volume.
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| Palabras chaves:Bioinformática, Bancos de dados biológicos, Pesquisa de similaridade de seqüências, Estruturas de Indexação. |
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