O artigo tem como objetivo implementar em hardware os algoritmos que são considerados padrão para a comparação e o alinhamento global e local das seqüências genéticas de DNA utilizando a técnica de programação dinâmica. Esses algoritmos foram implementados e analisados em software (linguagem C) e em hardware (sendo descritos na linguagem VHDL e prototipados usando a tecnologia FPGA), visando conseguir um bom desempenho. Foram analisados os tempos de execução dos resultados alcançados tanto em software e hardware e, comparados com outros sistemas específicos para o seqüenciamento genético, mostrando bons resultados de nossa implementação em FPGAs.